不少人都會認為使用微波爐煮食不健康，因為它會發放對人體有害的輻射致癌。不過有台灣YouTube網紅指，微波爐所發出的電磁波頻率介乎無線電和紅外線之間，是一種接近路由器無線網絡和廣播電台的頻率，對人體無害，反指煮食時燒焦的食物更不健康。
台灣YouTube網紅「理科太太」指微波爐的加熱原理，就是電磁波在微波爐內產生電磁場，運用摩擦生熱的道理以電子振動產生熱及水分，讓熱能被食物吸收，靠熱傳導均勻擴散到食物上。即使用微波爐把水煮熟，也只會讓水變燙，不會產生致癌物。她更提出，有研究發現牛奶用微波爐加熱與隔水加熱後，牛奶的鈣質、礦物鹽或其他氨基酸，都沒有太大的差異，和其他烹調方式比起來，還會為食物保留更多營養。
微波爐輻射對人體無害
香港大學食物及營養學助理教授雷震宇表示，使用微波爐煮食其實健康又安全，「微波爐是透過電磁波利用帶正負荷的水分子，不停轉動而產生熱能，當中所產生的非游離輻射（non-ionizing radiation）不同於Ｘ光及伽瑪射線那種，它的強度未至於可以使分子結構改變，因此不會使人體的DNA產生突變，也對人體沒有影響。」
減少水溶性營養流失
教授指出，微波爐煮食較多效率及較保留食物營養的原因是，這種烹煮方法是快速把熱力均勻傳到食物上，而不是一般在廚鍋由外至內的熱力傳導方式。微波爐煮食只需要很短時間的關係，也能避免食物中的營養在長時間烹煮期間流失的情況，「特別是更保留水溶性的營養素如維他命Ｃ」。
教授建議，想微波爐煮食得更健康，烹煮過程不宜高溫加熱太久，以免食物燒焦，同時不要使用塑膠製的盛載物，以免釋出有害物質。此外，若想食物烹煮得更平均，可加入少量水分在食物中，會有使用蒸爐的效果，食物受熱更平均。